Šiaulių kolegija aktyviai plėtoja ryšius su Lietuvos universitetais, siekdama užtikrinti galimybes profesiniams bakalaurams tęsti studijas universitetų magistrantūros studijose.
2009 m. gegužės 25 d. buvo pasirašyta Šiaulių kolegijos ir Vilniaus universiteto bendradarbiavimo sutartis, kurioje numatoma gerinti universitetinių studijų prieinamumą kolegijos absolventams, stiprinti bendradarbiavimą mokymo proceso organizavimo ir tobulinimo klausimais. Svarbiausias šios partnerystės privalumas – Šiaulių kolegijos absolventai turės galimybę tęsti studijas Vilniaus universitete.
Vilniaus universitetas bendradarbiavimo sutartis taip pat pasirašė ir su kitomis septyniomis šalies kolegijomis.
Šiaulių kolegija partnerystę sutartimis yra įteisinusi ir su Mykolo Romerio, Šiaulių, Vytauto Didžiojo ir kitais Lietuvos universitetais.